Obwohl es Anzeichen dafür gibt, dass Menschen durch Makarska bereits im Jahr 2000 v. Chr. gezogen sind, datiert die Ersterwähnung der hiesigen Siedlungen aus dem 4. Jahrhundert, als sich die Illyrer im Hafen von Aronia niedergelassen haben. Die Dokumentation des Parlaments von Salona vom 4. Mai 533 erwähnt die Siedlung Muccurum als den Gründungsort einer Diözese.
Im Jahr 887 fand bei Makarska eine große Schlacht zwischen der Venezianischen Republik und dem Fürstentum Neretva statt, in welcher der venezianische Doge Pietro I. Candiano persönlich gefallen ist. Danach schlossen die Venezianer einen Vertrag mit dem kroatischen Prinzen Branimir und verpflichteten sich, ihm einen Tribut für freien Schiffsverkehr und Handel an der Adria zu zahlen.
In den folgenden Jahrhunderten gab es innerhalb der Stadt Makarska häufige Machtkämpfe, die sie von der kroatischen Herrschaft im 12. Jahrhundert zur venezianischen Herrschaft ein Jahrhundert später führte. Bald darauf wurden die venezianische Macht gestürzt und fiel Makarska unter die Herrschaft des Osmanischen Reiches.
1684 wurde die Stadt wieder von der Venezianischen Republik annektiert. Nach dem Untergang der Venezianischen Republik wurde Makarska 1791 an das Habsburgerreich übergeben, doch bald danach gewann Napoleon die Oberhand und die Franzosen übernahmen die Stadt, die während ihrer Herrschaft einen großen kulturellen und wirtschaftlichen Aufschwung erlebte.