Obwohl die Stadt Šibenik erst im 9. Jahrhundert von den Kroaten gegründet wurde, reichen die Spuren der Besiedlung ihres Gebietes bis in die Urgeschichte zurück, genauer gesagt bis in die Jungsteinzeit, als die Danilo-Kultur boomte. In der Eisenzeit wurde ihr Gebiet von den Illyrern bewohnt, die ausgezeichnete Seefahrer waren und die Kontrolle über den geschützten Hafen an der Adria hatten. Im 11. Jahrhundert erkannte die Stadt die Souveränität der kroatisch-ungarischen Könige an, aber erst 1298 wurde sie als kroatische Stadt unter der Diözese Šibenik anerkannt.
Während der Zeit der venezianischen Herrschaft (1412 – 1797) erlebte Šibenik einen wirtschaftlichen und kulturellen Aufschwung und konnte sich erfolgreich gegen das Osmanische Reich verteidigen. Ähnlich wie auch in ganz Kroatien, wechselten in Šibenik bis zur Gründung der Kroatischen Republik im 20. Jahrhundert zahlreiche Herrschaften einander ab. Während des Kroatischen Unabhängigkeitskrieges war Šibenik starken Angriffen ausgesetzt, so dass viele seiner historischen Gebäude beschädigt wurden. Es dauerte jedoch nicht lange, bis sich diese Kulturstadt erholte und zum heutigen reichen Tourismuszentrum entwickelte.