Es gibt Nachweise dafür, dass Sinj bereits seit der Vorgeschichte bewohnt ist. Eine Reihe von archäologischen Funden aus dem Zeitabschnitt von der Kupferzeit bis zur Bronzezeit werden der sogenannten Cetina-Kultur zugeschrieben.
Nach dem Untergang des Römischen Reiches wurde Sinj bereits im 7. Jahrhundert von Kroaten bewohnt, die das Christentum praktizierten und eine starke militärische Präsenz schufen. Häufige türkische Angriffe führten 1523 zum Fall des Cetina-Bezirkes und der Stadt Sinj, die dieses Gebiet bis 1686 hielten, als es unter die venezianische Herrschaft fiel.
Die Türken gaben sich jedoch nicht so leicht geschlagen. Sie versuchten auch weiterhin, Sinj zu erobern, aber die Bewohner von Sinj waren widerstandsfähig, leidenschaftlich und bereit, ihr Leben für ihre Stadt zu geben. Im Jahr 1715 griffen die Türken Sinj ein letztes Mal an. Die türkische Armee mit ihren Zehntausenden von Soldaten war den 700 Verteidigern von Sinj zahlenmäßig weit überlegen. Die Soldaten von Sinj kämpften aber tapfer und unerbittlich und konnten die Schlacht letztlich für sich entscheiden, wonach die von Hunger und Krankheit geschwächten Türken den Cetina-Bezirk verließen. Die Einwohner von Sinj hielten ihren unfassbaren Sieg für eine göttliche Tat und widmeten ihn der Muttergottes.
Die Venezianer besetzten Sinj wieder und hielten es bis 1797, als es unter die Herrschaft des Habsburgerreiches kam. Danach kam Sinj für eine kurze Zeit unter die Herrschaft des napoleonischen Frankreich, wurde aber bald wieder vom Habsburgerreich übernommen, die es bis 1918 hielt. Sinj als Zentrum der historischen Region Cetina-Bezirk (Cetinska krajina) war seit jeher eine Stadt mit viel Nationalstolz und gehört zu Kroatien. In ihrer Geschichte kämpfte die Stadt oft für die kroatische Sprache und die Vereinigung Kroatiens, weshalb die internationale Anerkennung der Republik Kroatien im Jahr 1992 hier besonders intensiv gefeiert wurde.