A pesar de que Siberik es conocida como una ciudad del siglo 11, se observan vestigios de asentamientos de tiempos prehistóricos, mas específicamente del neolítico, cuando la cultura Danilo creció. En la edad de hierro fue habitada por los Liberianos, la tribu iliria, quienes eran excelentes mariner, y tenían el control del puerto natural mas protegido del Adriático.
Sibenik es considerada la ciudad mas antigua en Croacia, fundada por los Croatas. Los Croatas, después de que se asentaran en esta zona, seguramente en el siglo 9, construyeron el fuerte (castrum) de Silberik, que en un principio tenia un carácter administrativo, religioso y defensivo.
Se menciona por primera vez en 1066, en un documento del rey Petar Kresimir IV, por esa razón la ciudad se llama Kresimir.
En el siglo 12, la ciudad reconoció la soberanía a los reyes Hungaro-Croatas y en 1298 se convirtió en la ciudad de la creación de la nueva diócesis. Entonces Sibenik se igualo a la situación jurídica y política de las otras comunas urbanas de la costa del Adriático, lo que permitió que avanzara rápidamente.
Durante el periodo de gobierno Veneciano (1412-1797) Sibenik experimento un desarrollo económico y cultural, a partir de la defensa exitosa contra la amenaza turca. Esto fue seguido por el gobierno francés de Austria de corta duración, y después volvió a estar bajo el imperio Astro-Húngaro hasta el 1918.
El siglo 20 estuvo marcado por numerosos altibajos, debido principalmente a las guerras, pero gracias a la fundación de la republica de Croacia, se convirtió en el centro de el país y se fue expandiendo y desarrollando gracias a su rica oferta de turismo.