Iako se kao grad Šibenik spominje u 11. stoljeću, tragovi naseljenosti uočavaju se još u prapovijesno doba, točnije u neolitiku kada cvate Danilska kultura. U željeznom dobu naseljavaju ga Liburni, ilirsko pleme koji su kao vrsni pomorci imali kontrolu nad ovom prirodno najzaštićenijom lukom na Jadranu.
Šibenik je najstariji samorodni grad u Hrvatskoj. Hrvati su, nakon što su naselili ova područja, najvjerojatnije u 9. stoljeću izgradili utvrdu (castrum) Šibenik koja je u početku imala administrativno-vjerski i obrambeni značaj. Prvi put se spominje 1066. godine u ispravi kralja Petra Krešimira IV. zbog čega se i naziva Krešimirovim gradom.
U 12. stoljeću priznaje suverenitet ugarsko-hrvatskih kraljeva, a 1298. godine, postaje grad s novoosnovanom biskupijom. Tada se Šibenik izjednačio u pravno-političkom položaju s drugim slobodnim gradskim komunama na jadranskoj obali što mu je omogućilo brži napredak.
Za razdoblja vlasti Mletačke Republike (1412. – 1797.) doživljava gospodarski i kulturni razvoj, a od turske opasnosti uspješno se brani. Uslijedile su potom austrijska pa kratkotrajna francuska vlast, da bi opet sve do 1918. godine bio pod Austro-ugarskom.
20. stoljeće obilježeno je usponima i padovima ponajviše zbog ratova, no osnutkom Republike Hrvatske postaje središte Šibensko-kninske županije te kao takav se širi i razvija svoju bogatu turističku ponudu.